Предметом діяльності Ботанічного Саду Польської Академії Наук є наукові дослідження в області експериментальної та прикладної ботаніки, біотехнології та генетики рослин, прикладної екології, широко зрозумілого збереження природи та охорони біологічного різноманіття, а також популяризація знань про природничі науки.

Деякі з основних завдань саду включають, зокрема, створення та утримання колекцій рослин, а також підтримку та розвиток банку насіння; наукові дослідження з основ охорони біорізноманіття на генетичному, популяційному, видовому та екосистемному рівні, а також охорони навколишнього середовища; підготовка дослідників і спеціалістів спеціальної кваліфікації в галузі ботаніки, генетики, біотехнології, екології та садівництва; проведення дидактичних заходів для студентів вищих навчальних закладів, а також для початкових і середніх шкіл з ботаніки, генетики та біотехнології рослин, садівництва, екології та охорони тваринного світу; поширення знань з природничих наук, сільського та лісового господарства, особливо теми, що стосуються використання рослин людиною та проблематики загроз для дикої природи та захисту природи та навколишнього середовища; організація доступних для громадськості колекцій рослин і виставок з метою популяризації та освіти, а також рекреаційних та культурних цілей.